تولد و كودكيبه سال 1333 ه.ش در شهرستان مياندوآب در يك خانواده مذهبي و با ايمان متولد شد. در دوران كودكي، مادرش را – كه بانويي باايمان بود – از دست داد. تحصيلات ابتدايي و متوسطه را در اروميه به پايان رسانيد و در دوره دبيرستان (همزمان با شهادت برادرش علي باكري به دست دژخيمان ساواك) وارد جريانات سياسي شد. فعاليت هاي سياسي – مذهبيپس از اخذ ديپلم با وجود آنكه از شهادت برادرش بسيار متاثر و متالم بود، به دانشگاه راه يافت و در رشته مهندسي مكانيك مشغول تحصيل شد. از ابتداي ورود به دانشگاه تبريز يكي از افراد مبارز اين دانشگاه بود. او برادرش حميد را نيز به همراه خود به اين شهر آورد. شهيد باكري در طول فعاليت هاي سياسي خود (طبق اسناد محرمانه بدست آمده) از طرف سازمان امنيت آذربايجان شرقي (ساواك) تحت كنترل و مراقبت بود. پس از مدتي حميد را براي برقراري ارتباط با ساير مبارزان، به خارج از كشور فرستاد تا در ارسال سلاح گرم براي مبارزين داخل كشور فعال شود.شهيد مهدي باكري در دوره سربازي با تبعيت از اعلاميه حضرت امام خميني( رحمت الله عليه ) – در حالي كه در تهران افسر وظيفه بود – از پادگان فرار و به صورت مخفيانه زندگي كرد و فعاليت هاي گوناگوني را در جهت پيروزي انقلاب اسلامي نيز انجام داد.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی بعد از پیروزی انقلاب و به دنبال تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به عضویت این نهاد در آمد و در سازماندهی و استحکام سپاه ارومیه نقش فعالی را ایفا کرد. پس از آن بنا به ضرورت، دادستان دادگاه انقلاب ارومیه شد. همزمان با خدمت در سپاه، به مدت 9 ماه با عنوان شهردار ارومیه نیز خدمات ارزندهای را از خود به یادگار گذاشت. ازدواج شهید مهدی باکری مصادف با شروع جنگ تحمیلی بود. مهریه همسرش اسلحه کلت او بود. دو روز بعد از عقد به جبهه رفت و پس از دو ماه به شهر برگشت و بنا به مصالح منطقه، با مسئولیت جهاد سازندگی استان، خدمات ارزندهای برای مردم انجام داد. شهید باکری در مدت مسئولیتش به عنوان فرمانده عملیات سپاه ارومیه تلاشهای گستردهای را در برقراری امنیت و پاکسازی منطقه از لوث وجود وابستگاه و مزدوران شرق و غرب انجام داد و بهرغم فعالیت های شبانهروزی در مسئولیتهای مختلف، پس از شروع جنگ تحمیلی، تکلیف خویش را در جهاد با کفار بعثی و متجاوزین به میهن اسلامی دید و راهی جبههها شد.نقش شهید در دفاع مقدس شهید باکری با استعداد و دلسوزی فراوان خود توانست در عملیات فتحالمبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف در کسب پیروزیها موثر باشد. در این عملیات یکی از گردانها در محاصره قرار گرفته بود، که ایشان به همراه تعدادی نیرو، با شجاعت و تدبیر بینظیر آنان را از محاصره بیرون آورد. در همین عملیات در منطقه رقابیه از ناحیه چشم مجروح شد و به فاصله کمتر از یک ماه در عملیات بیتالمقدس ( با همان عنوان) شرکت کرد و شاهد پیروزی لشکریان اسلام بر متجاوزین بعثی بود. در مرحله دوم عملیات بیتالمقدس از ناحیه کمر زخمی شد و با وجود جراحتهایی که داشت در مرحله سوم عملیات، به قرارگاه فرماندهی رفت تا برادران بسیجی را از پشت بیسیم هدایت کند. در عملیات رمضان با سمت فرماندهی تیپ عاشورا به نبرد بیامان در داخل خاک عراق پرداخت و این بار نیز مجروح شد، اما با هر نوبت مجروحیت، وی مصممتر از پیش در جبههها حضور مییافت و بدون احساس خستگی برای تجهیز، سازماندهی، هدایت نیروها و طراحی عملیات، شبانهروز تلاش میکرد. در عملیات مسلم بن عقیل با فرماندهی او بر لشکر عاشورا و ایثار رزمندگان سلحشور، بخش عظیمی از خاک گلگون ایران اسلامی و چند منطقه استراتژیک آزاد شد. شهید باکری در عملیات والفجرمقدماتی و والفجر یک، دو، سه و چهار با عنوان فرمانده لشکر عاشورا، به همراه بسیجیان غیور و فداکار، در انجام تکلیف و نبرد با متجاوزین، آمادگی و ایثار همهجانبهای را از خود نشان داد. در عملیات خیبر زمانی که برادرش حمید، به درجه رفیع شهات نایل آمد، با وجود علاقه خاصی که به او داشت، بدون ابراز اندوه با خانوادهاش تماس گرفت و چنین گفت: شهادت حمید یکی از الطاف الهی است که شامل حال خانواده ما شده است. و در نامهای خطاب به خانوادهاش نوشت: من به وصیت و آرزوی حمید که باز کردن راه کربلا میباشد همچنان در جبههها میمانم و به خواست و راه شهید ادامه میدهم تا اسلام پیروز شود. تلاش فراوان در میادین نبرد و شرایط حساس جبههها، را از حضور در تشییع پیکر پاک برادر و همرزمش که سالها در کنار بود بازداشت. برادری که در روزهای سراسر خطر قبل از انقلاب، در مبارزات سیاسی و در جبههها، پا به پای مهدی، جانفشانی کرد. نقش شهید باکری و لشکر عاشورا در حماسه قهرمانانه خیبر و تصرف جزایر مجنون و مقاومتی که آنان در دفاع پاتکهای توان فرسای دشمن از خود نشان دادند بر کسی پوشیده نیست. در مرحله آمادهسازی مقدمات عملیات بدر، اگرچه روزها به کندی میگذشت اما مهدی با جدیت، همه نیروها را برای نبردی مردانه و عارفانه تهییج و ترغیب کرد و چونان مرشدی کامل و عارفی واصل، آنچه را که مجاهدان راه خدا و دلباختگان شهادت باید بدانند و در مرحله نبرد بکار بندند، با نیروهایش درمیان گذاشت. بیانات شهید قبل از شروع عملیات بدر همه برادران تصمیم خود را گرفتهاند، ولی من به خاطر سختی عملیات تاکید میکنم. شما باید مثل حضرت ابراهیم(علیه السلام) باشید که رحمت خدا شامل حالش شد، مثل او در آتش بروید. خداوند اگر مصلحت بداند به صفوف دشمن رخنه خواهید کرد. باید در حد نهایی از سلاح مقاومت استفاده کینم. هرگاه خداوند مقاومت ما را دید رحمت خود را شالم حال ما میگرداند. اگر از یک دسته بیست و دو نفری، یک نفر بماند باید همان یک نفر مقاومت کند و اگر فرمانده شما شهید شد نگویید فرمانده نداریم و نجنگیم که این وسوسه شیطان است. فرمانده اصلی ما، خدا و امام زمان(عجل الله تعالی فرجه الشریف) است. اصل، آنها هستند و ما موقت هستیم، ما وسیله هستیم برای بردن شما به میدان جنگ. وظیفه ما مقاومت تا آخرین نفس و اصاعت از فرماندهی است. تا موقعی که دستور حمله داده نشده کسی تیراندازی نکند. حتی اگر مجروح شد سکوت را رعایت کند، دندانها را به هم بفشارد و فریاد نکند. با هر رگبار سبحانالله بگویید. در عملیات خسته نشوید. بعد از هر درگیری و عملیات، شهدا و مجروحین را تخلیه کرده و با سازماندهی مجدد کار را ادامه دهید. حداکثر استفاده از وسایل را بکنید. اگر این پارو بشکند، به جای آن پاروی دیگری وجود ندارد. با همین قایقها باید عملیات بکنیم. لباس های غواصی را خوب نگهداری کنید. یک سال است دنبال این امکانات هستیم. مهدی در شب عملیات وضو میگیرد و همه گردان ها را یک یک از زیر قرآن عبور میدهد. مداوم توصیه میکند: برادران! خدا را از یاد نبرید نام امام زمان(عجل الله تعالی فرجه الشریف) را زمزمه کنید. دعا کنید که کار ما برای خدا باشد. از پشت بیسیم نیز همه را به ذکر «لاحول و لاقوه الا بالله» تحریض و تشویق میکند. لشکر عاشورا در کنار سایر یگانهای عمل کننده نیروی زمینی سپاه، در اولین شب عملیات بدر، موفق به شکستن خط دشمن میشود و روز بعد به تثبیت مواضع در ساحل رود میپردازد. در مرحله دوم عملیات، از سوی لشکر عاشورا حملهای نفسگیر به واحدهایی از دشمن که عالم فشار برای جناح چپ بودند، آغاز میشود. حملهای که قلع و قمع دشمن و گرفتن انتقام و قطع کامل دست دشمن از تعرض به نیروها در جناح چپ ثمره آن بود. ویژگی های اخلاقی شهید باکری، پاسدار نمونه، فرماندهی فداکار و ایثارگر، خدمتگزاری صادق، صمیمی، مخلص و عاشق حضرت امام خمینی( رحمت الله علیه ) و انقلاب اسلامی بود. با تمام وجود خود را پیرو خط امام میدانست و سعی میکرد زندگیاش را براساس رهنمودها و فرمایشات آن بزرگوار تنظیم نماید، با دقت به سخنان حضرت امام ( رحمت الله علیه ) گوش میداد، آنها را مینوشت و در معرض دید خود قرار میداد و آنقدر به این امر حساسیت داشت که به خانوادهاش سفارش کرده بود که سخنرانی آن حضرت را ضبط کنند و اگر موفق نشدند، متن صحبت را از طریق روزنامه بدست آورند. او معتقد بود سخنان امام الهام گرفته از آیات الهی است،باید جلو چشمان ما باشد تا همیشه آنها را ببینیم و از یاد نبریم. شهید باکری از انسانهای وارسته و خودساختهای بود که با فراهم بودن زمینههای مساعد، به مظاهر مادی دنیا و لذایذ آن پشت پا زده بود. زندگی ساده و بیریای او زبانزد همه آشنایان بود. با تواناییهایی که داشت میتوانست مرفهترین زندگی را داشته باشد؛ اما همواره مثل یک بسیجی زندگی میکرد. از امکاناتی که حق طبیعیاش نیز بود چشم میپوشید. تواضع و فروتنیاش باعث میشد که اغلب او را نشناسند. او محبوب دلها بود. همه دوستش میداشتند و از دل و جان گوش به فرمان او بودند. او نیز بسیجیان را دوست داشت و به آنها عشق میورزید. میگفت: وقتی با بسیجی ها راه میروم، حال و هوای دیگری پیدا میکنم، هرگاه خسته میشوم پیش بسیجیها میروم تا از آنها روحیه بگیرم و خستگیام برطرف شود. همه ما در برابر جان این بسیجیها مسئولیم، برای حفظ جان آنها اگر متحمل یک میلیون تومان هزینه – برای ساختن یک سنگر که حافظ جان آنها باشد – بشویم، یک موی بسیجی، صد برابرش ارزش دارد. با دشمنان اسلام و انقلاب چون دژی پولادین و تسخیرناپذیر بود و با دوستان خدا، سیمایی جذاب و مهربان داشت. با وجود اندوه دائمش، همیشه خندان مینمود و بشاش. انسانی بود همیشه آماده به خدمت و پرتوان. نحوه شهادت بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلیبن موسیالرضا (علیه السلام) خواسته بود که خداوند توفیق شهدت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی( رحمت الله علیه ) و حضرت آیتالله خامنهای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند. این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ 25/11/63، به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناکترین صحنههای کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، تلاش مینمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتکهای دشمن تثبیت نماید، که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید. هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آبهای هورالعظیم انتقال میدادند، قایق حامل پیکر وی، مورد هدف آرپیجی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست. او با حبی عمیق به اهل عصمت و طهارت(علیهم السلام) و عشقی آتشین به اباعبداللهالحسین(علیه السلام) و کولهباری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیلالله، از همرزمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت و در جنات عدن الهی به نعمات بیکران و غیرقابل احصاء دست یافت. شهید باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده میدانست و تنها به لطف و کرم عمیم خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود. در وصیتنامهاش اشاره کرده است که: چه کنم که تهیدستم، خدایا قبولم کن. شهید محلاتی از بین تمام خصلتهای والای شهید به معرف او اشاره میکند و در مراسم شهادت ایشان، راز و نیاز عاشقانه وی را با معبود بیان میکند و از زبان شهید می گوید: خدایا تو چقدر دوستداشتنی و پرستیدنی هستی، هیهات که نفهمیدم. خون باید میشدی و در رگهایم جریان مییافتی تا همه سلولهایم هم یارب یارب میگفت. این بیان عارفانه بیانگر روح بلند و سرشار از خلوص آن شهید والامقام است که تنها در سایه خودسازی و سیر و سلوک معنوی به آن دست یافته بود.