امير در نيمه شب 22 آبان ماه 62 در جريان عمليات آزادساز ي زندان مرزي دوله تو در منطقه عمليات سردشت بر اثر اصابت گلولهي دشمن مجروح شد. در لحظات آخر عمر پيوسته بامعبود خويش راز و نياز ميكرد و گل سرود عشق را ازكلام پروردگارش ميجست:
رب اشرح لي صدري و يسرلي امري... از هم سنگرانش خواست تا او را در حالتي بخوابانند كه سر بر سجده بگذارد و دو ركعت نماز عشق اقامه كند. چه با شكوه بود شهادت و ناز عارفانهي شهيد امير ملكي.